Program Studi Doktoral Pendidikan Matematika Universitas Negeri Yogyakarta (PMAT UNY) berdiri secara reguler sejak tahun 2021, dan hingga saat ini sudah memiliki 3 angkatan mahasiswa yang berkuliah di dalamnya. Mahasiswa Program Doktoral yang masuk pada intake Februari Tahun Pembelajaran 2021/2022 menjadi angkatan pertama, dengan total mahasiswa berjumlah 16 orang.