Berikut adalah beberapa keunggulan Program Studi Doktoral Pendidikan Matematika FMIPA UNY:

• Terakreditasi Baik Sekali oleh LAMDIK sejak tahun 2024
• Memiliki Dosen Pembimbing dari Dalam & Luar Negeri dengan 10 Profesor dan 8 Asosiat Profesor. Selain itu, Program Studi juga melibatkan Dosen Luar Negeri sebagai Pembimbing Disertasi.
• Pelaksanaan perkuliahan menggunakan Sistem Bauran (hybrid). Mahasiswa saat ini berasal dari Riau, Sumatera Barat, Jabodetabek, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Yogyakarta, Kalimantan Timur, Kalimantan Selatan, Sulawesi Selatan, dan Nusa Tenggara Barat. Mereka dapat mengikuti perkuliahan dengan tetap bekerja.